Depuis la première programmation intégrée des fonds structurels en 1989, des principes encadrent l’intervention des fonds. Ils ont été renforcés dans l’actuel  règlement du Conseil portant dispositions générales sur les fonds (N°1083/2006).

Ces principes sont les suivants :

• Complémentarité avec les actions nationales, cohérence avec les politiques et priorités européennes, coordination entre les différents fonds, conformité aux dispositions du droit communautaire.
   
• Programmation pluriannuelle des objectifs des fonds.
   
• Additionnalité : les fonds structurels ne doivent pas servir de substitut aux financements nationaux, mais intervenir en complément.
   
• Partenariat : concertation étroite mise en œuvre entre la Commission, l’Etat membre et les autorités régionales et locales, les partenaires économiques et sociaux, environnementaux et organismes représentant la société civile…
   
• Egalité entre les hommes et les femmes et non discrimination et développement durable ont été érigés au titre des principes d’intervention dans les nouveaux règlements.